本學科針對傳統輕工行業綠色轉型和現代生物產業發展的特殊需求，圍繞天然產物生物轉化、發酵食品綠色釀造、綠色制漿與低碳造紙技術、生物質轉化與化學修飾過程控制及微藻高效綜合利用、分子靶向藥物設計與新型蛋白（多肽）藥物及小分子藥物研發等方面開展研究，形成了發酵工程、制漿造紙工程、生物質化學與工程、蛋白質工程等四個穩定的學科方向。在鬼臼毒素生物轉化、特種紙綠色研發、高耐性酵母高效制造、白酒機械化與智能化特色釀造等方面優勢明顯、特色鮮明；與安琪酵母、勁酒集團、東陽光、新華揚、廣濟藥業、晨鳴紙業等企業建立了緊密的產學研合作關系，近5年，獲國家獎1項、省級一等獎4項，發酵工程教育部重點實驗室2016年被評估為優秀，學科整體實力居華中地區領先水平。